食品与健康学院下设5个系，包括食品科学与工程系、食品质量与安全系、食品营养与健康系、酿酒工程系和香料香精工程系，拥有包括“老年营养与健康教育部重点实验室”、“农产品质量安全追溯技术及应用国家工程实验室（联合）”、“中国-加拿大食品营养与健康联合实验室”、“国家市场监管重点实验室（特殊食品监管技术）”、“国家大豆加工产业技术创新中心”、“食品质量与安全北京实验室”、“北京市食品风味化学重点实验室”、“北京市食品添加剂工程技术研究中心”、“食品添加剂与配料北京高校工程研究中心”在内的多个省部级实验室/工程研究中心。同时，学院设有食品微生物学实验室、食品分析实验室、食品工艺学实验室、食品发酵工艺实验室等本科和研究生教学实验室。

学院实验室拥有包括蛋白质晶体分析系统、高分辨四极杆飞行时间串联质谱、生物质谱仪、分选型流式细胞仪、高分辨高速共聚焦显微镜、全数字化核磁共振波谱仪等在内的高级分析仪器设备，大型仪器设备总额超过3亿元（再加5000 多万元的酿酒工程专业设备、1.4亿元香料香精专业的设备），能够满足本科生、研究生的各类教学、科研、科技创新竞赛等活动的实验需求。

学院下设有共享实验中心，负责本科教学实验室与科研实验室的安全管理、本科生和研究生的实验教学管理，以及共享实验中心的设备共享管理等工作，为学院的人才培养、教师发展、一流学科建设等提供全方位服务。